在这一季中Clark将面临有史以来最艰难的挑战。Bizarro是专为摧毁Clark而制造的，因此势必要斗个你死我活；可怕的事故夺去了Clark 的挚爱；Clark的养母Martha (Annette O'Toole饰, "超人II")离开了华盛顿；而最大的考验则来自Clark19岁的姐姐，女超人Kara（新人Laura Vandervoort饰）。 　　水坝被破坏时，Kara的飞船受到冲击飞离了地球。少女Kara为照看被送到地球的弟弟Kal-El而离开了Krypton星。在飞船中Kara停止了 生长，因此到达地球后，反而被已长大成人的弟弟照料。Kara对地球文化非常迷恋，且时不时忘记隐藏自己的超能力。她的年轻冲动数次将她置于危险的境地， 最终被Lex的雷达暴露所在。 　　Lana的死使得Lex重新审视自己的生活。他自愿入狱服刑，开始帮助他人，秘密军队也被解散。但他开始关注kara和她的飞船，尽管他尚未意识到两者 的关联。与此同时，Lex与Lionel仍维持着尴尬的父子关系。他们互相猜疑，Lex很清楚Lionel向自己隐瞒了许多消息，并且参与了摧毁秘密军队 的行动。两人不遗余力地与对方周旋，期待着某一方沉不住气，从而终止两人的父子关系。 　　Lois Lane对Lex的悔过自新仍抱着怀疑态度。在秘密军队对她的亲友造成巨大伤害后，Lois便发誓要击溃亿万富翁Lex。Lois的事业也蒸蒸日上，新上 任的星球日报主编Grant Gabriel (Michael Cassidy友情出演)非常赏识她积极的工作态度，并聘她为星球日报的明星记者。尽管在记者生涯上大展手脚，Lois却为自己抢了Chloe的风头而心 生愧疚。 　　对 Chloe而言，与Lois的竞争失败并非最糟的事。她一边费力帮助Clark隐藏身份，一边要向Jimmy(Aaron Ashmore饰, "圣诞小屋") 隐瞒自己新生的超能力，她害怕Jimmy一旦获知真相便会弃她而去。然而，Chloe一再推迟调查报告的行为，以及她和Clark的关系，使得Jimmy 对两人的感情产生了怀疑，转而对Kara衍生好感。尽管Chloe在过去几年中一直鼓励Clark向Lana表明自己的真实身份，然而当自己面临同样处境 时，她却无法向Jimmy坦呈自己已被感染，唯恐Jimmy因此抛弃自己。